Der Moorexpress fährt von Gleis 1. Dort kommt immer kurz vor der vollen Stunde der RE5 aus HH Richtung CUX. Kurz nach der vollen Stunde kommt der Gegenzug aus CUX Richtung HH. Wenn der Zug aus HH etwas verspätet ist, treffen sich manchmal beide Züge im Stader Bahnhof.
Die reaktivierte Bahn nach Bremervörde sollte möglichst vor dem RE5 nach CUX ankommen und nach dem RE5 Richtung HH abfahren. Dann kann er aber weder auf Gleis 1 noch auf Gleis 2 warten. Für den Moorexpress ist das egal, der fährt dann, wenn Gleis 1 frei ist, ohne dass Anschlüsse an den RE5 gewährleistet werden müssen.
Auf Gleis 3 fährt die S-Bahn.